Collodictyon, un mystérieux protiste venu du fond des âges

Dans la boue d’un lac norvégien, des biologistes ont débusqué un organisme minuscule, unicellulaire, qui, après analyse génétique, ne semble pouvoir être rangé dans aucun grand groupe connu. Il nous renseignerait donc sur des ancêtres très lointains des animaux, des végétaux et des protistes. Une question de nombre de flagelles, expliquent ses découvreurs, enthousiastes.

Ce petit être, de 30 à 50 microns de diamètre, qui s’ébat dans la boue d’un lac norvégien, à une trentaine de kilomètres au sud d’Oslo, nous ferait plonger un milliard d’années en arrière, à l’époque où nos ancêtres n’étaient pas plus gros que lui. L’équipe du Microbial Evolution Research Group (Merg) qui en étudie ses gènes affirme que ce collodictyon nous montre à quoi pouvaient ressembler les organismes qui venaient de se doter d’un noyau – on les appelle les eucaryotes –, se différenciant ainsi des bactéries et des archées (les procaryotes), et qui commençaient alors à se séparer en grandes lignées. Trois d’entre elles ont connu un joli succès, conduisant aux champignons, aux plantes vertes et aux animaux.

Pourtant, les collodictyons sont connus depuis longtemps. La première description d’une espèce de ce modeste groupe remonte en effet à 1865. Mais l’espèce (nouvelle) extraite du lac proche de la ville d’Ås nous montre aujourd’hui ses gènes et cela grâce à Dag Klaveness.

Voilà quarante ans que ce biologiste du Merg s’adonne à une passion : élever des protistes. Ces organismes unicellulaires, comme les paramécies et les amibes, pullulent partout où il y a de l’eau. Les aquariophiles les connaissent sous le nom « d’infusoirs », un terme ancien datant de l’époque où l’on croyait qu’ils naissaient par génération spontanée.



Ce bestiaire, qui comprend aussi des organismes photosynthétiques apparentés aux végétaux, est très varié et les liens de parenté entre les espèces sont bien difficiles à démêler. En réussissant leur élevage, Dag Klaveness en multiplie la quantité disponible, ce qui facilite l’étude de leur ADN, les informations génétiques étant précieuses pour déterminer qui est le plus proche parent de qui.

Son collègue Kamran Shalchian-Tabrizi lui a donc confié ce collodictyon, qui vit au milieu d’une soupe d’algues vertes unicellulaires. Cet organisme serait un cousin vraiment lointain, expliquent les taxonomistes, car il possède quatre flagelles. Ces filaments servent aux cellules mobiles à se déplacer dans l’eau en nageant et les biologistes ont compris que leur nombre et leur disposition ont été fixés il y a très longtemps, devenant caractéristiques de grandes lignées. Chez les premiers eucaryotes, semble-t-il, on avait soit un soit deux flagelles. Les « unicontes » sont devenus plus tard des champignons, des choanoflagellés (petits organismes) ou des animaux. Les « bicontes » sont devenus, pour les plus connus, des plantes vertes. Nous sommes donc plus proches d’une girolle que d’une orchidée (d’autres caractéristiques le confirment, d’ailleurs).

Mais alors, avec quatre flagelles, où sont donc les collodictyons ? L’équipe norvégienne a mis l’organisme en culture en prenant soin de le nourrir avec des bactéries plutôt qu’avec des algues. Ces végétaux étant eux aussi eucaryotes, le risque était grand, lors de l’analyse de l’ADN, de ne pas parvenir à bien séparer les gènes des uns et des autres. En revanche, les généticiens savent repérer les gènes de ces procaryotes que sont les bactéries et donc les distinguer de ceux du collodictyon. Comme ils l’expliquent avec un certain humour dans le communiqué publié par l’université d’Oslo, « ce n’est pas leur nourriture favorite, mais ils ont seulement le choix entre manger cela ou mourir ».

En séquençant tout le matériel génétique récolté après centrifugation, les chercheurs ont comparé les gènes trouvés avec ceux d’autres organismes. « Nous avons trouvé une nouvelle branche de l’arbre de la vie, s’enthousiasme Kamran Shalchian-Tabrizi. C’est unique ! Jusqu’ici, nous ne connaissons aucun autre groupe qui se rapproche autant des racines de l’arbre de la vie. » Les plus proches cousins actuels de ce collodictyon seraient les Excavata (des unicellulaires « creux », d’où leur nom, restés très discrets au fil de l’évolution), le plus ancien groupe à deux flagelles, et les amibes, les plus anciens organismes à un seul flagelle.

L’équipe en est encore à décrypter les séquences génétiques trouvées et n’a pas encore publié ses résultats dans une revue scientifique. Les biologistes norvégiens espèrent dénicher des gènes particuliers, reconnaissables, qui renseigneraient sur des fonctions anciennes. Par exemple, expliquent-ils, s’ils retrouvent des bribes génétiques apparentés à certaines bactéries photosynthétiques, il y aura une trace des premières symbioses entre elles et les cellules eucaryotes, puisque c’est là l’origine des chloroplastes, siège de la photosynthèse chez les végétaux. « Cet organisme est comme un télescope pour observer le microcosme originel » s’emporte Kamran Shalchian-Tabrizi.